غار جوجه یکی از شگفت‌انگیزترین غارهای طبیعی قائن است که از لحاظ باستان‌شناسی دارای اهمیت است. این غار در ۲۵ کیلومتری شرق قائن و ۵ کیلومتری جنوب غرب روستای خونیک علیا قرار دارد. این غار برخلاف اسم آن از بزرگ‌ترین غارهای شناسایی شده در استان خراسان جنوبی است که انتهای آن بر اثر زلزله یا فرسایش سنگ‌ها به مرور بسته شده است.

دهانه این غار در ارتفاع تقریبی ۸۰ متر از کف دره رو به شرق قرار دارد. ابعاد دهانه غار ۲×۴ متر است و ارتفاع داخل غار به ۴۰ متر نیز می‌رسد. داخل غار متشکل از یک تالار اصلی است و تشکیلات زیبای بلوری و گل کلمی بر سطح دیواره‌ها و سطح کف مشاهده می‌شود همچنین در قسمت‌هایی از غار تشکیلات زیبای استالاکتیت و استالاگمیتی دیده می‌شود. در داخل غار می‌توان آثار پراکنده سفال را مشاهده کرد. در ابتدای غار حوضی ساخته شده از مصالح سنگ و ساروج وجود دارد.

نرسیده به غار جوجه از مسیر رودخانه، در سمت چپ یک کوه سنگی دهانه‌ای به نام کال زاغو دیده می‌شود که دارای ۳/۵ متر عرض و ۳ متر ارتفاع است. برای پیمایش این غار نیاز به تجهیزات سنگوردی است. این غار نیز به وسیله زلزله مسدود شده و تنها ۶۰۰ متر از مسیر قابل پیمایش است.